Родился 10 декабря 1966 года. Окончил Кыргызский государственный национальный университет (географический факультет) в 1991 году. В 2002 году защитил кандидатскую диссертацию, в 2014 году – докторскую. В 2005 году получил звание доцента, в 2012 году – и.о. профессора. В 1991-2007 годах работал преподавателем в Иссык-Кульском государственном университете имени К. Тыныстанова. В 2007-2012 годах работал деканом факультета «Менеджмент и туризм» Кыргызского экономического университета им. М. Рыскулбекова, в 2013 году – начальником отдела качества и аккредитации КЭУ им М. Рыскулбекова. С 2014 по 2016 год возглавлял управление профессионального образования Министерства образования и науки Кыргызской Республики, в 2016-2018 годах – управление Департамента науки при МОН КР. В 2018-2024 годах работал директором Института водных проблем и гидроэнергетики Национальной академии наук Кыргызской Республики. С 2024 года по настоящее время является ректором Кыргызского национального университета имени Жусупа Баласагына.

Д. Чонтоев посвятил свою научную деятельность проблемам географии, экологии, туризма и водным ресурсам Центральной Азии. Является автором более 75 научных статей, пяти учебно-методических пособий и пяти монографий по данным направлениям. Прошел более десяти стажировок в разных странах, среди которых, в частности, стажировка в Японии по экотуризму в 2005 году, стажировка в Турции по туризму в 2012 году, стажировка в Китае по экологии и водным ресурсам в 2018 году, стажировка в Кении по водным ресурсам в 2019 году и другие. Д. Чонтоев внес значительный вклад в изучение водных ресурсов Центральной Азии, его работы посвящены вопросам управления водными ресурсами, их рационального использования и охраны. Он также известен своими исследованиями в области экологии и туризма.